隱適美公司的ClinCheck軟體在進行模擬計算時，缺少齒槽骨厚度、上下顎骨和頭蓋骨的位置關係、牙根形狀和位置等這些重要資訊。我們必須從牙科用CT（立體的顎骨與牙根）或側顱X光（側臉；鼻子嘴唇下巴與頭部的相對位置）等X光中獲取這些缺少的資訊，並將其考慮進去，設計出具有高預測性、高實現性的模擬方案。使用側顱X光可以將門牙的位置角度數值化，預測治療後的前牙位置和側臉變化量。此外，忽略CT的模擬方案可能會將牙根移動到齒槽骨外部，引起嚴重的牙根吸收。本院會利用這些X光輔助，設計出高美學性、高安全且具有高再現性的治療方案。（從2023年8月開始，僅限Comprehensive Package，可以將牙科用CT的資訊整合到ClinCheck軟體中。）

矯正治療的本質是進行空間（牙齒之間的間隙）的交換。大多數的病例是空間不足，需要創造空間。大致上可以分為移動牙齒以騰出空間的方法（例如擴大牙弓或後牙的遠心移動）和磨牙齒使其變小的方法兩種。後者就是所謂的「IPR，Interproximal reduction」，只需磨削鄰接的牙面，對於醫師來說遠比前者更為簡便。這種方法看起來會對牙齒造成損傷，但實際上少部分的磨削（一個鄰接面約0.25毫米）是教科書上也有的正統方法。然而，由於隱形矯正的牙齒移動效率比傳統矯正低，所以有些醫師會將就選擇，完全採用簡便的IPR，而不使用移動其他牙齒騰出空間的方法。如此會導致磨牙的量過大，會造成牙齒明顯變形或牙齒敏感等副作用。如前所述，本院的堅持是要實現與傳統矯正完全相同的效果，因此選擇首先移動牙齒並創造足夠的空間，最後非不得已才做再IPR，盡量減少磨牙齒的量。

市面上宣傳的隱形矯正的優點之一是回診次數較少。更甚者，也有一些系統聲稱﹔只要最初取得一次牙模之後就完全用再回診。這是因為隱形矯正的機制是在一開始製作一套的透明牙套，模擬齒列從“不整齊狀態”排到“整齊的最終位置”，所以只要將一整套牙套全部交給病人並囑咐病人按時間交換，理論上就不需要回診。然而，最初的模擬幾乎百分之百會在中途與實際牙齒的移動產生偏差（預估的隱形牙套和實際的齒列不合）。這樣一來會導致移動不如預期，治療時間拖長，更糟糕的是不合適的隱形牙套會對牙齒施加不當的力量，引起牙根吸收或牙髓壞死等問題。這種偏差對病人本人來說很難察覺，即使察覺到也無法採取補救措施。因此，定期回診還是相當重要的，回診時醫師會非常注意確認是否有偏差，並對偏差採取進行修正。基本上，對於小的偏差會使用輔助裝置來修改，對於大的偏差則需要再次採取牙模並製作追加的透明牙套組。本院建議最好能像傳統矯正一樣，每個月來回診一次。每次回診時，我們會仔細確認現實齒列與模擬之間的差距，一旦出現偏差，立即採取對策，使治療時間縮到最短。此外，如果約診時間足夠，也會盡量做牙齒的清潔和檢查蛀牙。當然，利用隱形矯正的特性減少回診次數也並不是錯誤的，如果病人有需要確實可以拉長回診的間隔。

在隱形矯正治療中，會將稱為附件的樹脂黏附在牙齒表面，以維持牙套和牙齒的貼合度，並增加移動牙齒的效率。我們會根據不同的移動目的設計不同的附件形狀。最後黏附在牙齒上時也會特別注意其形狀是否相符，以達到最大的治療效率。

牙套矯正治療進行中，有時會需要請病人自行掛上顎間橡皮筋。如前所述，這是牙齒移動上相當重要的輔助裝置。希望患者能遵照醫囑確實配戴，我們的也會提供細心的指導，希望能確實的移動牙齒。

牙齒移動時，需要固定源（支撐）。當兩邊牙齒互相拉扯時，互為固定源，自然兩者都會移動。然而，某些狀況下，我們會希望有一邊的牙齒是不要移動的，如果動的話會造成最終成果不完美（比方說前牙退的不夠多時，暴牙改善會不完美）。這時就需要使用在牙槽骨中植入迷你骨釘，骨釘是絕對不會動的固定源。這是一種在傳統矯正時也經常使用的手法。在傳統矯正中，通常可以使用咬合力來提供一部分的固定源；然而隱形矯正中由於隱形牙套覆蓋了一層在咬合面上，上下牙齒不會接觸，所以咬合力無法利用，所以使用骨釘的機會更多。本院會在適當時機使用骨釘，以實現最完美的治療成果。